Das Gesetz gegen Wettbewerbsbeschränkungen sieht in § 44 vor, dass die Monopolkommission alle zwei Jahre ein Gutachten („Hauptgutachten“) erstellt, in dem sie über Stand und Entwicklung der Unternehmenskonzentration, über die Anwendung der Fusionskontrolle und über sonstige aktuelle wettbewerbspolitische Fragen berichtet. Diese Gutachten werden der Bundesregierung vorgelegt und anschließend veröffentlicht. Darüber hinaus sieht das Gesetz Sondergutachten vor, die entweder im Auftrag der Bundesregierung oder aus eigenem Ermessen erstellt werden; die Monopolkommission hat auch zu Erlaubnisanträgen („Ministererlaubnis“) im Falle von Fusionen Stellung zu nehmen, die zuvor vom Bundeskartellamt untersagt worden waren.
Weitere Sondergutachten, die alle zwei Jahre zu veröffentlichen sind, werden aufgrund anderer gesetzlicher Vorschriften (Telekommunikationsgesetz, Postgesetz-, Energiewirtschaftsgesetz und Allgemeines Eisenbahngesetz) erstellt. Gegenstand dieser Gutachten sind Fragen der Wettbewerbsentwicklung sowie die Praxis der Regulierung durch die Bundesnetzagentur in den Wirtschaftsbereichen mit Netzcharakter.